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dna proofreading中文 在 今天分子生物學了沒- #倒數40days 接續上篇 - Facebook 的推薦與評價
... DNA polymerase I & II & III 的比較☆ DNA polymerase 皆具有3'--5'外切(proofreading)的能力，讓DNA複製出錯時，可以立刻移除掉錯的DNA (記法). ... <看更多>
dna proofreading中文 在 [生化] replication transcription - 看板NTUCH-HW - 批踢踢實業坊 的推薦與評價
1.DNA複製包含兩原始股的分離，以及以原始股為模板產生兩條新股。每一個
新的DNA分子包含一股原始的DNA以及一股新合成的DNA，這種情形稱semiconservative
replication
2.DNA複製: 1. 單股DNA做為template
2. RNA引子 (primer)
3. dNTP (dATP, dTTP, dCTP, dGTP)
4. DNA 扭轉酶 (DNA gyrase)
DNA 解旋酶(DNA helicase)
DNA 聚合酶 (DNA polymerase)
DNA 連接酶 (DNA ligase)
單股結合蛋白質 (SSB) single strand binding protein
3.在複製時，DNA雙螺旋由一個特定的點解開，此點稱為複製起點(origin of
replication，在E. coli中為OriC)。
4.在每個複製起點上，會有兩個點(replication forks)是新的聚核苷酸鏈形成的地方；
在兩段原始DNA區域之間之新合成DNA所形成的bubble(也稱為eye)構造，顯示出兩個複
製叉是以相反方向延伸的；這種特色也稱為θ結構
5.新合成的DNA有一股(leading strand)是接觸3'→5'的模板，以5'→3'的
方向連續地合成；而另一股(lagging strand)則是以小片段半不連續地形成
（semidiscontinuously，在原核生物中主要是1000-2000個核苷酸長度）的，
稱為Okazaki fragments
6.lagging strand的片段接下來則藉由DNA ligase將它們連接在一起。
7.一個核苷酸加入成長中DNA鏈的過程。在成長中DNA鏈端的3'-OH為親核劑。
它攻擊鄰近將要加入成長鏈核苷酸之糖上的磷。焦磷酸鹽被移除而新的磷酸二酯鍵形成。
8.聚合酶之效用有兩種重要考量，就是合成反應的速度(turnover number)
以及持續效能(processivity)，亦即在酵素從模板上分離之前所連結之核苷酸的數目。
9.DNA聚合酶I在複製中有特別的功能:
切除RNA primer和「修補」（patching）DNA
DNA聚合酶III是主要負責新合成股之聚合反應的酵素。
10.所有這三個聚合酶都有的3'→5'核酸外切酶的活性，是proofreading
功能的一部分；不正確的核苷酸在複製的過程中被移除，而被正確的所取代，
校正的進行是一次檢查一個核苷酸。
11.DNA聚合酶I具有5'→3'核酸外切酶活性，在修復(repair)時負責清除短長度
的核苷酸，通常一次包含幾個核苷酸，這也是RNA引子移除的方式。
12.DNA複製時所需要的蛋白質
DNA扭轉酶(DNA gyrase，第二型拓樸異構酶)，可以催化將DNA其中一股具有切口而鬆散、
環狀的DNA轉換成切口密合的超螺旋形式。
螺旋去穩定(helix-destabilizing)的蛋白質，稱為解旋酶(helicase)，
它可以藉著結合在複製叉而促進其鬆開。
單股結合蛋白質(single-strand binding protein，SSB)，可以藉由與單股
區域的緊密結合而穩定其構造。
13.DNA雙股螺旋藉由DNA扭轉酶和解旋酶的成用解開而單股DNA覆蓋上的SSB
(單股DNA結合蛋白質)。引發酶(primase)週期性的在延遲股上準備合成。
複製酶體聚合酶的每一半藉由β-次單元滑動鉗與模板結合。DNA聚合酶Ⅰ和DNA連接酶
在延遲股下游移除RNA引子之後以DNA取代它們，並且連接岡崎氏斷片。
14.原核細胞DNA複製
(1)DNA合成是雙向的，兩個複製叉由複製起始點往反方向進行。
(2)DNA合成的方向為新合成股的5’端到3’端。其中一股(領導股)以連續的方式形成。
而另外一股(延遲股)則以不連續方式。在延遲股上小片段的DNA(岡崎氏斷片)隨後連接起來。
(3)在E.coli中發現五種DNA聚合酶。聚合酶Ⅲ是主要負責合成新股的酵素。
第一個發現的聚合酶(聚合酶Ⅰ)，參與了合成、校正以及修復,聚合酶Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ
在特別的情形下為修復酵素。
(4)DNA扭轉酶在複製叉更進一步地移動，引發一個旋轉點。一種旋轉蛋白(亦即解旋酶)
可結合在複製叉的位子，並促進解開螺旋。模板DNA暴露的單股區域藉由DNA
結合蛋白質來穩定。
(5)引發酶催化RNA引子的合成。
(6)新股的合成由聚合酶Ⅲ催化形成。引子藉由聚合酶Ⅰ移除，並以去氧核苷酸取代。
DNA連接酶縫合存在的缺痕。
15.
原核 真核
五種聚合酶(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ) 五種聚合酶(α,β,γ,δ,ε)
聚合酶的功能：
Ⅰ參與在合成、校正、修以及 α-種聚合酵素
移除RNA的引子
Ⅱ也是修復酵素
β為一種修復酵素
Ⅲ為主要的聚合酵素
γ負責粒線體DNA的合成
Ⅳ,Ⅴ為異常狀況下的修復酵素
δ主要的聚合酵素
ε功能未知
是聚合酶也是核酸外切酶 不是所有的聚合酶都為核酸外切酶
一個複製起始點 幾個複製起始點
岡崎氏斷片約1000-2000個核苷酸長 岡崎氏斷片約150-2200個核苷酸長
沒有蛋白質複合體與DNA結合 組織蛋白與DNA形成複合體
16.真核生物的染色體是由許多複製起點(也稱為複製區，replicators)開始
複製，並完成DNA的合成。人類染色體平均有幾百個複製起點，而複製進
行的區域稱為複製子(replicons)，其大小隨著物種而不同。
(真核有點多 , 有空再補 還是有人願意幫忙?)
17.RNA轉錄:
(1)單股DNA做為template (模板股)
(2)不需引子, 但需要模板股上的DNA
序列做為啟動子
(3)NTP (ATP, UTP, CTP, GTP)
(4)RNA 聚合酶 (RNA polymerase)
(5)蛋白質
(6)轉錄作用會產生所有類型的RNA──mRNA、tRNA、rRNA、snRNA、miRNA以及siRNA。
18.RNA合成 :
(1)RNA先利用DNA做模板，合成過程叫轉錄，催化過程之enzyme 是RNA polymerase
(2)需要ATP GTP CTP UTP Mg2+
(3)RNA合成不用primer DNA模板還是需要
(4)RNA鏈由5'→3' 5'連ppp
(5)enzyme用DNA其中一股當模板來合成，enzyme和模板結合沿3'→5'移動
(6)模板不改
19.RNA聚合酶(RNA polymerase)
包含 α2ωββ'和σ五種次單元，稱為全酶(holoenzyme)。RNA聚合酶(RNA polymerase)
其中σ次單元是很鬆散地結合在酵素的其他部分(α2ωββ')，稱為核心
酵素（core enzyme），參與啟動子（promoters）的辨認工作。
α2ωββ'次單元則結合在一起形成聚合反應的活化部位 。
20.模板股(template strand):因為它將用來主導RNA的合成；
而有時也稱反義股(antisense strand)，因為其密碼互補於將要產生的RNA；
也被稱為（-）股（(-)strand）。
另一股稱為編碼股(coding strand)，因為它的DNA序列與將產生的RNA序
列是相同的(除了以U取代T之外)；而有時它也稱為義股(sense strand)，
因為這個RNA序列在mRNA的例子裡是我們用來決定將要產生什麼胺基酸的序列；
依慣例它也被稱為（+）股((+) strand)，或者為非模板股(nontemplate strand)。
未完成
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